La judería de Elgacena se encontraba al abrigo de los castillos de Zalatambor y Belmecher, en un entorno lleno de belleza definido por las curvas del río Ega y por las alturas de Montejurra, Peñaguda, Santa Bárbara, Belástegui y la Cruz de los Castillos.

Hoy en día, la calle de Elgacena recuerda el nombre que tuvo este primitivo barrio judío de Estella. En el año 1135 la judería estaba ya abandonada, y este espacio fue donado a los barones de Estella por el rey de Pamplona García Ramírez el Restaurador. En el año 1145 la corona donó al obispo de Pamplona la antigua sinagoga para que construyese una iglesia dedicada a Santa María y a Todos los Santos. Hoy es la iglesia de Santa María Jus del Castillo.

La comunidad judía abandonó la vieja judería de Elgacena en la primera mitad del siglo XII y se instaló bajo la colina donde en el último cuarto del siglo XIII se construiría el castillo de Belmecher. La Judería Nueva se hallaba delimitada por una muralla en sus lados Este, Sur y Oeste, donde se encontraba con los muros del castillo de Belmecher. Por el lado Norte, la judería era vecina de las huertas del convento de Santo Domingo.

La judería incluía, además de las viviendas de la población, las instalaciones comunes de todas las juderías: el horno, la carnicería, los baños, el molino, una tintorería y un trujal. Como cualquier otra comunidad judía, debería contar asimismo con una sinagoga y sus instalaciones anejas. Ninguno de estos edificios ha sido localizado en la actualidad. Sí que conserva restos de una torre, dotada de dos aspilleras defensivas, junto a la que se abre una puerta para acceder a la judería. Las excavaciones arqueológicas en curso llevadas a cabo en el interior de este barrio han permitido recuperar testimonios constructivos y de cultura material de dicha aljama. De ellos parece deducirse que su trazado urbano se hallaba adaptado a la ladera, con las viviendas situadas en líneas paralelas y sobre terrazas.