Las obras del convento se iniciaron según los planos del arquitecto, de origen francés, Santiago Raón, siguiendo el deseo expresado por la Madre María Paula de Jesús Aguirre y Gamarra, natural de Estella, su fundadora y que profesaba en el convento que la orden tenía en la localidad Soriana de Ágreda. El convento estellés, hecho a imitación del de Ágreda, fue inaugurado el 25 de noviembre de 1731, casi cincuenta años después de su inicio. La fachada de la iglesia se dispone en tres cuerpos de altura desigual, rematada por frontón, reproduciendo las formas creadas por el arquitecto carmelita fray Alberto de la Madre de Dios, en la primera mitad del siglo XVII y que obtuvo una amplia difusión a partir de la construcción del convento de la Encarnación en Madrid. La iglesia es de una sola nave de tres tramos con crucero saliente y cabecera recta. La cubierta es de bóveda de cañón con lunetos y media naranja sobre pechinas en el tramo central del crucero. La decoración interior se realiza mediante retablos con formas del barroco tardío, como el dedicado a la Virgen del Pilar, labrado en 1730 por Lucas de Mena o el de San Antonio. Más moderno, de estilo neogótico, es el de San Miguel, si bien la imagen del arcángel que alberga en su hornacina principal, es del siglo XVIII. El retablo que ocupa la cabecera procede de la iglesia de San Pedro de Lizarr y es obra del taller estellés de la familia de los Imberto, artistas que trabajaron en el segunda mitad del siglo XVI y primera del XVII.