En 1256 se le otorga el título de Iglesia Mayor de la ciudad. A la iglesia se accede por una escalinata realizada a principios de los años setenta del siglo XX. Destaca el aspecto ascensional que le otorga, no solo su disposición en alto, sino por la verticalidad otorgada por la torre, abierta en su parte inferior por la monumental ventana de tracería gótica.

La portada se data en la primera mitad del siglo XIII presentando trazas de clara influencia árabe, aunque con aportaciones decorativas románicas en un delicado encaje de carácter vegetal, geométrico y figurativo, con arpías, sirena, centauro y grifos.

El interior del edificio presenta formas constructivas que se originan en el último cuarto del siglo XII. De este período es la cabecera del templo formado por tres ábsides a los que se accede mediante una escalinata realizada en 1893 por el cantero estellés Cayetano Echauri. La iglesia se compone de tres naves situándose en la del Evangelio la capilla de San Andrés, construida en 1696 de profusa ornamentación y con un retablo realizado en la segunda mitad del siglo XVIII. El templo está presidido por una efigie de San Pedro que lleva fecha de 1687. Destacan imágenes como la Virgen de la O (XIV) o la Virgen del Rosario, obra de la primera mitad del siglo XVII. Tiene una bella pila bautismal data a finales del siglo XII.

Presenta un hermoso claustro fechado en torno a 1170 del que faltan dos lados destruidos en 1572 tras la demolición del castillo. De primer orden en cuanto a calidad escultórica, sus capiteles acogen varias manos de distintos artistas. Alternan los capiteles elementos historiados de la vida de santos, guerreros, domadores, esfinges, en el ala norte, y en lado occidental todo un bestiario con sirenas, arpías, grifos y motivos vegetales.