En 1256, elle reçoit le titre d'Église Principale de la ville. L'accès à l'église se fait par un perron construit au début des années soixante-dix du XXe siècle. On met en valeur l'aspect ascensionnel non seulement de par sa disposition en hauteur, mais aussi de par sa tour qui vient renforcer la verticalité, sa partie inférieure s'ouvrant à l'extérieur grâce à la monumentale fenêtre de style gothique.

Le portique date de la première moitié du XIIIe siècle, il présente des traits de forte influence arabe, encore qu'avec des éléments décoratifs romans sur une délicate dentelle de motifs végétaux, géométriques et figuratifs, avec des harpies, sirènes, centaure et griffons.

L'intérieur de l'édifice présente des formes de construction dont leur origine date du dernier quart du XIIe siècle. Le chevet du temple appartient d'ailleurs à cette période, étant formé de trois absides accessibles par un perron construit en 1893, une œuvre du tailleur de pierre d'Estella, Cayetano Echauri. L'église se compose de trois nefs, la nef de l'Évangile abrite la chapelle de San Andrés qui fut construite en 1696, abondamment décorée et présentant un retable réalisé au cours de la deuxième moitié du XVIIIe siècle. Le temple est présidé par une effigie de San Pedro datée de 1687. Autres éléments importants du temple, ses retables et peintures, telles que la Vierge de la O (XIV) ou la Vierge du Rosaire, une œuvre de la première moitié du XVIIe siècle. On souligne aussi ses beaux fonts baptismaux datant de la fin du XIIe siècle.

Son magnifique cloître date d'environ 1170, il lui manque deux ailes qui furent détruites en 1572 lors de la démolition du château. Rythmé d'une qualité sculpturale, ses chapiteaux accueillent les mains de différents artistes. Les chapiteaux alternent des éléments historiés qui représentent des scènes de la vie des saints, des guerriers, dresseurs, sphinx occupant l'aile nord et, côté occidental, tout un bestiaire avec des sirènes, des harpies, des griffons et des motifs végétaux.