En 1085, en el lugar que ocupa la basílica tuvo la aparición de una imagen que recibió el nombre de Virgen del Puy. La basílica fue patronato real y lo conservaron los reyes de España hasta que en 1895, la reina regente renunció a él en beneficio del obispo de Pamplona. El actual edificio sustituye a otro anterior construido con planta de cruz latina, con cabecera recta, a la que se añadía un pequeño camarín. La basílica que hoy contemplamos, inicia su construcción en 1929 bajo la dirección y proyecto del arquitecto Víctor Eusa. Posteriormente, en 1949, se produjo una remodelación del plano inicial por el mismo arquitecto, culminando la obra el año 1951. El pórtico de entrada y el patio que le precede son del siglo XVIII, en un lado está la Sala de los Generales, porque en ella estuvieron los generales carlistas antes de ser fusilados por el también general carlista Maroto, en 1839. El edificio de formas neogóticas se alza sobre una planta en forma de estrella, evocando el origen de la aparición de la Virgen. Se trata de una imagen sedente, fechada en el último tercio del siglo XIII, realizada en madera y recubierta de plata.